COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 2.665138 2.665138 3.235112
2021-06-16 17:00:00 2.876397 2.876397 3.275951
2021-06-15 17:00:00 2.260976 3.286730 3.290943
2021-06-14 17:00:00 3.780900 3.780900 3.380587
2021-06-13 17:00:00 3.425164 3.425164 3.445292
2021-06-12 17:00:00 3.148297 3.148297 3.490241
2021-06-11 17:00:00 3.461461 3.461461 3.556574

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 2.231237 2.231237 2.610391
2021-06-16 17:00:00 2.803738 2.803738 2.763770
2021-06-15 17:00:00 2.401372 2.828283 2.787803
2021-06-14 17:00:00 2.127660 2.738337 2.751203
2021-06-13 17:00:00 1.408451 1.408451 2.816558
2021-06-12 17:00:00 2.172285 2.917505 2.885085
2021-06-11 17:00:00 2.994652 2.994652 2.977794

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 10.097720 10.097720 8.963778
2021-06-16 17:00:00 6.751055 6.751055 8.970950
2021-06-15 17:00:00 9.090909 9.090909 9.074507
2021-06-14 17:00:00 1.162791 9.090909 9.120471
2021-06-13 17:00:00 14.673913 8.780488 9.167342
2021-06-12 17:00:00 3.768116 8.985507 9.196027
2021-06-11 17:00:00 15.805471 9.422492 9.471287

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 3.209302 3.209302 3.733854
2021-06-16 17:00:00 2.896007 2.896007 3.857040
2021-06-15 17:00:00 1.580247 3.481481 3.831622
2021-06-14 17:00:00 2.163462 3.326905 3.851371
2021-06-13 17:00:00 4.989605 4.989605 4.012730
2021-06-12 17:00:00 3.857281 3.857281 4.029922
2021-06-11 17:00:00 5.747126 5.747126 4.209134

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 9.022039 9.022039 6.042735
2021-06-16 17:00:00 16.356513 16.356513 5.342039
2021-06-15 17:00:00 18.085106 18.085106 4.848215
2021-06-14 17:00:00 19.512195 43.170732 4.700958
2021-06-13 17:00:00 3.667665 3.667665 4.456131
2021-06-12 17:00:00 3.063565 3.063565 4.232812
2021-06-11 17:00:00 3.236825 3.236825 4.148336

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 6.425993 6.425993 6.691342
2021-06-16 17:00:00 3.935310 3.935310 6.703095
2021-06-15 17:00:00 2.323330 2.323330 6.750645
2021-06-14 17:00:00 17.838542 17.838542 7.121275
2021-06-13 17:00:00 10.049020 10.049020 7.334551
2021-06-12 17:00:00 6.885246 6.885246 7.468652
2021-06-11 17:00:00 9.229748 9.229748 7.661710

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 2.024648 2.024648 1.862471
2021-06-16 17:00:00 2.777778 2.777778 1.885840
2021-06-15 17:00:00 1.096892 1.096892 2.019396
2021-06-14 17:00:00 1.049869 0.365631 2.073055
2021-06-13 17:00:00 1.222222 1.222222 2.085206
2021-06-12 17:00:00 2.616279 2.616279 2.136686
2021-06-11 17:00:00 2.035398 2.035398 2.157544

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 2.928870 2.928870 3.631242
2021-06-16 17:00:00 3.770103 3.770103 3.721245
2021-06-15 17:00:00 2.957393 2.957393 3.575975
2021-06-14 17:00:00 5.167598 2.926443 3.673965
2021-06-13 17:00:00 4.124716 4.124716 3.622479
2021-06-12 17:00:00 4.539164 4.539164 3.534570
2021-06-11 17:00:00 4.483948 4.483948 3.454546

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 1.491301 1.491301 1.103555
2021-06-16 17:00:00 1.127214 1.578947 1.113882
2021-06-15 17:00:00 0.601504 0.601504 1.143214
2021-06-14 17:00:00 0.768049 0.375940 1.147163
2021-06-13 17:00:00 1.351351 0.777907 1.237122
2021-06-12 17:00:00 1.528384 1.528384 1.285433
2021-06-11 17:00:00 0.805802 0.805802 1.319670

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 1.799007 1.799007 2.029029
2021-06-16 17:00:00 2.126952 2.126952 2.064830
2021-06-15 17:00:00 1.528769 1.528769 2.104151
2021-06-14 17:00:00 1.560588 2.146031 2.084491
2021-06-13 17:00:00 2.240823 2.240823 2.138155
2021-06-12 17:00:00 1.933869 1.933869 2.210496
2021-06-11 17:00:00 2.093348 2.093348 2.287456

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 1.772152 1.772152 2.147404
2021-06-16 17:00:00 2.165795 2.165795 2.208149
2021-06-15 17:00:00 1.437556 1.437556 2.285433
2021-06-14 17:00:00 1.094891 0.253165 2.313683
2021-06-13 17:00:00 3.163950 3.163950 2.529375
2021-06-12 17:00:00 3.177570 3.177570 2.802555
2021-06-11 17:00:00 3.420843 3.420843 3.050108

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 2.222222 1.108033 0.846477
2021-06-16 17:00:00 0.254453 0.254453 0.832409
2021-06-15 17:00:00 2.673797 1.069519 0.878726
2021-06-14 17:00:00 2.721088 1.149425 0.901317
2021-06-13 17:00:00 0.649351 0.649351 0.919500
2021-06-12 17:00:00 1.149425 1.149425 0.920445
2021-06-11 17:00:00 0.247525 0.247525 0.910794

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 8.154506 8.154506 4.133047
2021-06-16 17:00:00 4.444444 4.444444 4.117342
2021-06-15 17:00:00 1.415094 1.415094 4.136990
2021-06-14 17:00:00 0.000000 0.000000 4.078815
2021-06-13 17:00:00 18.604651 18.604651 4.300287
2021-06-12 17:00:00 2.780049 6.882591 4.391748
2021-06-11 17:00:00 2.202643 2.202643 4.329481

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 1.710731 1.710731 1.417420
2021-06-16 17:00:00 0.505689 0.505689 1.650766
2021-06-15 17:00:00 1.258993 1.258993 1.807607
2021-06-14 17:00:00 1.869159 0.311042 1.909318
2021-06-13 17:00:00 2.222222 2.222222 2.027965
2021-06-12 17:00:00 1.345291 1.345291 2.172943
2021-06-11 17:00:00 3.498542 3.498542 2.281317

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 1.466395 1.466395 1.914167
2021-06-16 17:00:00 1.666667 1.666667 2.015929
2021-06-15 17:00:00 1.374633 1.374633 2.072077
2021-06-14 17:00:00 3.063380 3.063380 2.122606
2021-06-13 17:00:00 1.966011 1.966011 2.198304
2021-06-12 17:00:00 1.648654 1.648654 2.322176
2021-06-11 17:00:00 2.552157 2.552157 2.456333

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 5.232558 5.232558 6.534395
2021-06-16 17:00:00 6.345609 6.345609 6.958446
2021-06-15 17:00:00 7.777266 7.777266 6.902520
2021-06-14 17:00:00 2.718334 2.718334 7.012801
2021-06-13 17:00:00 11.496063 11.496063 7.266744
2021-06-12 17:00:00 10.937500 10.937500 7.382917
2021-06-11 17:00:00 7.808143 7.808143 7.390927

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 0.147493 1.007866 1.299765
2021-06-16 17:00:00 1.715511 1.715511 1.343402
2021-06-15 17:00:00 1.403957 1.403957 1.313198
2021-06-14 17:00:00 3.179487 3.179487 1.277395
2021-06-13 17:00:00 0.717080 0.717080 1.300040
2021-06-12 17:00:00 0.806127 1.252348 1.311212
2021-06-11 17:00:00 1.024390 1.024390 1.394265

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 4.426325 4.426325 4.352367
2021-06-16 17:00:00 2.670482 2.670482 4.487426
2021-06-15 17:00:00 3.248335 3.248335 4.626864
2021-06-14 17:00:00 5.747532 5.747532 4.838344
2021-06-13 17:00:00 5.998033 5.998033 5.053153
2021-06-12 17:00:00 5.962367 5.962367 5.126961
2021-06-11 17:00:00 5.146089 5.146089 5.262728

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 1.103956 1.103956 1.955937
2021-06-16 17:00:00 2.061856 2.061856 2.020586
2021-06-15 17:00:00 1.093211 1.093211 2.059654
2021-06-14 17:00:00 4.057397 1.595020 2.152131
2021-06-13 17:00:00 2.583491 2.583491 2.255842
2021-06-12 17:00:00 3.087333 3.087333 2.325355
2021-06-11 17:00:00 2.511612 2.511612 2.371981

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 4.051173 4.051173 3.036561
2021-06-16 17:00:00 2.251407 2.251407 3.091384
2021-06-15 17:00:00 3.354633 3.354633 3.239657
2021-06-14 17:00:00 2.040816 0.750469 3.204664
2021-06-13 17:00:00 2.558140 2.558140 3.309245
2021-06-12 17:00:00 4.861111 4.861111 3.510748
2021-06-11 17:00:00 2.787456 2.787456 3.699239

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 3.030303 3.030303 1.775762
2021-06-16 17:00:00 0.961538 0.961538 1.863190
2021-06-15 17:00:00 1.840491 1.840491 2.099013
2021-06-14 17:00:00 5.128205 1.639344 2.182886
2021-06-13 17:00:00 0.645161 0.645161 2.339748
2021-06-12 17:00:00 1.600000 1.600000 2.481553
2021-06-11 17:00:00 2.797203 2.797203 2.666001

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-17 17:00:00 2.939759 2.939759 4.875154
2021-06-16 17:00:00 3.619130 3.619130 5.014500
2021-06-15 17:00:00 1.082504 4.419230 5.268829
2021-06-14 17:00:00 2.865762 11.613876 5.293956
2021-06-13 17:00:00 8.018433 8.018433 5.308652
2021-06-12 17:00:00 4.977712 4.977712 5.390152
2021-06-11 17:00:00 5.992218 5.992218 5.458139

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.231237 2.231237 2.610391
Basilicata 10.097720 10.097720 8.963778
Calabria 3.209302 3.209302 3.733854
Campania 9.022039 9.022039 6.042735
Emilia-Romagna 6.425993 6.425993 6.691342
Friuli Venezia Giulia 2.024648 2.024648 1.862471
Lazio 2.928870 2.928870 3.631242
Liguria 1.491301 1.491301 1.103555
Lombardia 1.799007 1.799007 2.029029
Marche 1.772152 1.772152 2.147404
Molise 2.222222 1.108033 0.846477
P.A. Bolzano 8.154506 8.154506 4.133047
P.A. Trento 1.710731 1.710731 1.417420
Piemonte 1.466395 1.466395 1.914167
Puglia 5.232558 5.232558 6.534395
Sardegna 0.147493 1.007866 1.299765
Sicilia 4.426325 4.426325 4.352367
Toscana 1.103956 1.103956 1.955937
Umbria 4.051173 4.051173 3.036561
Valle d'Aosta 3.030303 3.030303 1.775762
Veneto 2.939759 2.939759 4.875154

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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